Der immer weiter zunehmende globale Handel und Warentransport auf den Verkehrswegen birgt die Gefahr in sich, dass nicht nur Quarantäneschadorganismen an den Hafenstand-orten auftreten können, sondern überall dort, wo Transporte von Gütern über überregionale Verkehrswege stattfinden.

Um die Einschleppungen von gefährlichen Schadorganismen frühzeitig zu erkennen, hat die EU gesetzlich bestimmte Überwachungsprogramme von Risikostandorten festgelegt. Die Pflanzenschutzdienste der Mitgliedsländer sind verpflichtet, die auch als Monitoringprogramme bezeichneten Untersuchungen durchzuführen. Je nach Region und Biologie des Schadorganismus geht die Landwirtschaftskammer unterschiedlich vor.

Neben der rein visuellen Inspektion erfolgt zu bestimmten Schadorganismen eine Probenahme mit anschließender labortechnischer Untersuchung. Auch in diesem Bereich nutzen die Inspektoren - wie bei den Einfuhrkontrollen von Verpackungsholz aus Drittländern - die Begleitung durch speziell ausgebildete Spürhunde, die in der Lage sind, bestimmte Larven des Asiatischen Laubholzbockkäfers oder des Citrusbockkäfers im Inneren von Gehölzen aufzuspüren. Mit dieser Methode kann ein verdeckter Befall rechtzeitig erkannt und entsprechende Gegenmaßnahmen eingeleitet werden. Die Inspektoren der Pflanzengesundheit führen derzeit jährlich 24 Monitoringprogramme zu den unterschiedlichsten Quarantäneschadorganismen durch. Die Ergebnisse aus den jeweiligen Monitoringaktivitäten werden der Oberbehörde für den Pflanzenschutz in Deutschland, dem Julius-Kühn-Institut Braunschweig gemeldet. Das Institut wiederum wertet die Ergebnisse für Deutschland insgesamt aus und erstellt die notwendigen Berichte für die EU-Kommission.